企业设立分支机构，可由总公司汇总缴纳企业所得税，这样也就没有法人资格，且不用实行独立核算。总公司可以以此调节盈亏，对企业所得税的负担也能够得到合理解决。因此，在设置分支机构时应当综合考虑多种因素：
首先，当总公司盈利，新设置的分支机构可能出现亏损时，应当选择总分公司模式。
众所周知，分公司是非独立纳税人，可以由总公司的利润弥补其亏损;如果设立子公司，子公司是独立纳税人，只能由以后年度实现的利润弥补其亏损，且子公司的亏损不能由总公司弥补，对子公司投资的投资成本也不得冲减。
当总机构亏损，而新设置的分支机构可能盈利时，就不要选择总分公司模式了，而应当选择母子公司模式;母公司的亏损不需要子公司承担，资金可以得到自我积累而更好发展，总公司可将效益好的资产转移到子公司，可以处理掉不良资产。
其次，按照税法规定，企业享受税收优惠的情况。当总机构享受税收优惠但分支机构不享受优惠时，可以选择总分公司模式，这样分支机构也能享受到税收优惠的待遇。
如果分公司所在地有税收优惠政策的，如果分公司开始盈利后，可将分公司变更注册为子公司，就能享受当地的税收优惠政策，这样会收到较好的纳税效果。
最后，是分支机构的利润分配形式及风险责任问题。我们在上面说到分支机构是不具有独立法人资格的，因此并不利于进利润的独立分配。同时，分支机构面临风险及相关法律责任时，也可能会牵连到总公司，而子公司则无需担忧。
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